طبق شاخص عملکرد زیست‌محیطی سال ۲۰۱۲ که از سوی دانشگاه‌های ییل و کلمبیا انجام شده و ۲۲ فاکتور محیطی چون منابع آب، آلودگی هوا، تنوع زیستی، و تغییرات آب‌وهوایی را بررسی کرده بود، ایران از میان ۱۳۲ کشور مورد مطالعه، در جایگاه ۱۱۴ قرار گرفت.   مرکز پژوهشی آرا در بخشی از گزارش راهبردی «بررسی وضعیت آب و بحران منابع آبی در کشور» که توسط اندیشکده افرا گردآوری شده، آورده است:  در حال حاضر کشور ما در راه تحقق اقتصاد مقاومتی، با دو مخاطره بالقوه بسیار جدی و مهم مواجه است: اول مخاطره بحران کمبود آب و دوم مخاطره بحران کمبود انرژی. در بین این دو مخاطره، بحران کمبود آب خطرناک‌تر است زیرا انرژی انواع و جانشین‌های مختلفی دارد، اما آب هیچ‌گونه جانشینی ندارد؛ از طرفی، کشور ما از نظر منابع آبی و میزان نزولات آسمانی هم دچار فقر است؛ زیرا در کمر خشک جهانی هم قرار دارد، بنابراین در صورت عدم صیانت از منابع آبی موجود، در آینده نزدیک با صدمات جبران‌ناپذیری مواجه خواهیم شد.   در مورد خاص بودن بحران آب باید گفت در گزارش سال ۲۰۱۳ اقتصاد جهانی، ۵۰ مخاطره که اقتصادهای بین‌المللی را با بی‌ثباتی مواجه می‌کنند، شناسایی شد و در بین این ۵۰  مخاطره، بحران کمبود آب چهارمین مخاطره با درجه احتمال بالا و دومین مخاطره از نظر شدت اثرگذاری شناسایی شد. بنابراین عدم توجه ویژه به مسأله بحران آب می‌تواند تحقق اقتصاد مقاومتی را با مشکلات جدی مواجه کند.   طبق شاخص عملکرد زیست‌محیطی سال ۲۰۱۲ که از سوی دانشگاه‌های ییل و کلمبیا انجام شده و ۲۲ فاکتور محیطی چون منابع آب، آلودگی هوا، تنوع زیستی، و تغییرات آب‌وهوایی را بررسی کرده بود، ایران از میان ۱۳۲ کشور مورد مطالعه، در جایگاه ۱۱۴ قرار گرفت.  اندیشکده صلح ایالات متحده آمریکا در مقاله‌ای به قلم دیوید میشل، سرپرست برنامه امنیت محیط زیست در اندیشکده مرکز استیمسون به بررسی معضلات زیست‌محیطی و تغییرات جوی و آب‌وهوایی ایران پرداخته و با اشاره به هزینه‌های تحمیل‌شده از سوی این معضلات بر نظام اقتصادی کشور، تأکید می‌کند در حال حاضر خطری که از جانب بحران قریب‌الوقوع محیط زیست و آب‌وهوایی ایران احساس می‌شود، به مراتب بیش از خطر دشمنان خارجی و منازعات سیاسی داخلی است.   ایران اکنون با چالش‌های محیط زیستی فزاینده‌ای مواجه است که در حال حاضر برای ثبات کشور در بلندمدت، بسیار خطرناک‌تر از تهدید دشمنان خارجی یا منازعات سیاسی داخلی محسوب می‌شوند. طبق گزارش «سازمان جنگل‌ها، مراتع، و آبخیزداری ایران» که در اواسط سال ۲۰۱۳ منتشر شده بود، بیش از دو سوم خاک ایران، در حدود ۱۱۸ میلیون هکتار، به‌سرعت در حال تبدیل شدن به بیابان است. این شرایط هشدارآمیز به حدی جدی است که برخی از مسئولان ضمن تشریح مسأله، ایران ۳۰ سال دیگر را در صورت عدم اصلاح وضعیت، کشور ارواح دانسته اند، چرا که آینده هشدارآمیز دریاچه‌های خشک‌شده و سفره‌های خالی آب‌های زیرزمینی، احتمالاً میلیون‌ها ایرانی را وادار به ترک محل سکونت خود خواهد کرد!.   خشک‌شدن تالاب ها و به‌هم خوردن اکوسیستم های آبی و طبیعی با ارزش‌های بی بدیل اقتصادی، اجتماعی، زیست‌محیطی و گردشگری و به تبع آن بروز پدیده‌هایی نظیر هجوم ریزگردها و تهدید سلامت و محیط زیست هموطنان، بروز منازعات و تعارضات اجتماعی در کشور بر سر تقسیم و تسهیم آب و به‌دنبال همه آن‌ها، مسأله اشتغال، مهاجرت و حاشیه‌نشینی گسترده، تنها بخشی از فرآیند بحران محسوب می‌شوند. در ادامه برخی از تهدیدهای متعاقب کمبود آب در کشور ذکر می شود.   اتمام ذخایر آب ۱۲ استان ایران در ۵۰ سال آینده   منابع آب شیرین ایران تحت فشار برداشت‌های غیرقابل تحملی قرار دارند. ۹۰ درصد خاک ایران را که منطقه‌ای اندکی کوچکتر از ایالت آلاسکا در آمریکا را دربرمی‌گیرد، سرزمین‌های خشک یا نیمه‌خشک تشکیل می‌دهند و تقریباً دو سوم حجم بارندگی کشور پیش از آنکه بتواند رودها را پرآب کند، تبخیر می‌شود. در نتیجه، ایران بیش از نیمی از آب مورد نیاز خود را با برداشت از آبخوان‌ها تأمین می‌کند و مصرف عمومی به سرعت در حال تحلیل بردن منابع زیرزمینی است. با نرخ کنونی مصرف بی‌رویه آب در ایران، ۱۲ استان از ۳۱ استان این کشور، ظرف ۵۰ سال آینده ذخایر آبی خود را به پایان خواهند رساند.   سیاست‌های اقتصادی ایران بر وخامت این مشکل افزوده‌اند. بهره‌برداری از آب‌های زیرزمینی در اختیار مالکان چاه‌ها آزاد است و به علت وجود یارانه‌های دولتی، مصرف‌کنندگان تنها بخشی از هزینه‌های واقعی مصرف انرژی لازم برای پمپاژ آب به سطح را می‌پردازند. سالانه ۴ میلیارد مترمکعب از آب‌های زیرزمینی غیرقابل بازگشت ایران، به سطح زمین پمپاژ می‌شوند.     تهدید امنیت غذایی ایران  مشکلات آبی ایران در حال آسیب زدن به اقتصاد ملی کشور است. ۱۰ درصد تولید ناخالص داخلی ایران حاصل فعالیت بخش کشاورزی است که نزدیک به یک‌چهارم نیروی کار ایران را نیز در استخدام خود دارد. به علاوه فعالیت این بخش، از امنیت غذایی ملی نیز پشتیبانی می‌کند، فاکتوری که به سبب آرمان انقلاب ۱۹۷۹، برای دفاع از حق «مستضعفان»، اکنون از اولویت بالایی در سیاست‌های داخلی برخوردار است. در حقیقت نیز تهران با راهبردی دوگانه برای پیشبرد خودکفایی در تولید محصولات اساسی از طریق افزایش همزمان عرضه و تقاضا، اقدام به اختصاص یارانه‌ای مساوی به تولیدکننده و مصرف‌کننده کرده است.     با این‌حال، اکنون امنیت غذایی ایران در خطر است؛ زیرا بخش کشاورزی با اختصاص ۹۲ درصد از کل مصرف آب کشور به خود، تنها در حدود ۶۶ درصد نیاز غذایی ۷۹ میلیون نفر جمعیت ایران را تولید می‌کند. کشور ناچار از وارد کردن ۳۷ درصد باقی مانده است و تشدید «تنش آب» خطر کاهش بیشتر توان تولید بخش کشاورزی را هشدار می‌دهد که به نوبه خود منجر به افزایش هزینه واردات و وخیم‌تر کردن فشارهای مالی خواهد شد. در حقیقت، نیازهای بخش کشاورزی، اکنون حتی در حال صدمه زدن به امنیت غذایی کشور است؛ برای مثال، خاک برخی مناطق، چون دشت مرکزی کاشان، به سبب برداشت بیش از اندازه از آب‌های زیرزمینی که منجر به تحلیل رفتن سفره‌های آب شده است، به شوره‌زاری بدل شده و امکان کشاورزی در این مناطق کاملاً از بین رفته است.   جنگ جهانی بر سر آب!  طبق تحقیقات سازمان ملل تا سال ۲۰۲۵ تعداد کشورهایی که از کمبود آب رنج خواهند برد، به ۳۰ کشور می‌رسد که ۱۸ کشور از میان آن ها در خاورمیانه و شمال آفریقا جای گرفته و این می تواند حساسیت منطقه خاورمیانه را که ایران هم در آن است، برای بروز «جنگ آب» یا «جنگ پنهان» در دهه های آینده نشان دهد. ﺩﺭ ﺣﺎﻝ ﺣﺎﺿﺮ  جنگ آب ﺑﻪ ﺻﻮﺭﺕ ﭘﺮﺍﮐﻨﺪﻩ ﺭﺥ ﻣﯽ‌ﺩﻫﺪ، ﺍﻣﺎ اگر این شرایط به همین صورت تداوم یابد، ﺗﺎ ده سال ﺁﯾﻨﺪﻩ ﺷﺎﻫﺪ ﺟﻨﮓ ﻓﺮﺍﮔﯿﺮ ﺁﺏ ﺩﺭ ﺩﺍﺧﻞ ﺷﻬﺮﻫﺎ ﻭ ﺑﯿﻦ ﻣﻨﺎﻃﻖ ﻭ استان ها ﺧﻮﺍﻫﯿﻢ ﺑﻮﺩ. ﺍﯾﻦ ﺧﻄﺮﯼ ﺍﺳﺖ ﮐﻪ ﺍﻣﻨﯿﺖ و تمامیت ارضی ﻣﺎ ﺭﺍ ﺗﻬﺪﯾﺪ ﻣﯽ‌ﮐﻨﺪ ﻭ بسیاری از ﺳﯿﺎﺳتمداران و حتی نخبگان فکری و دانشگاهی ﭼﺸﻢ ﺧﻮﺩ ﺭﺍ ﺑﻪ ﺭﻭﯼ ﺁﻥ ﺑﺴﺘﻪ ﺍﻧﺪ و یا نسبت بدان بی‌تفاوت هستند.   بحران آب در ایران در دو سطح «داخلی» و «ملی - منطقه‌ای» قابل طرح و بررسی است. در طرح داخلی مسائلی مانند درگیری استان های مختلف بر سر آب و تعیین حق‌آبه مانند منازعه اصفهان، بختیاری و خوزستان، تونل گلاب و اعتراضات بختیاری‌ها، خشک شدن زاینده‌رود و اعتراضات اصفهانی‌ها، موضوع بهشت‌آباد و بحران خشک شدن دریاچه ارومیه مطرح است. در سطح منطقه ای نیز اختلافات کشورهای منطقه بر سر منابع آب شیرین خصوصاً رودخانه ها و نیز مسائل زیست‌محیطی که معضلات ناشی از کم‌آبی گریبان-گیر کشورهای منطقه شده، بررسی می‌شود. در ۵۰ سال گذشته ۳۷ مورد خشونت بین کشورها بر سر آب گزارش شده که همه آن‌هاجز ۷ مورد، مربوط به خاورمیانه می‌شود؛ از طرفی، آب شیرین نه یک منبع جهانی، بلکه منبعی منطقه ای محسوب می شود و به‌دلیل همین ماهیت منطقه ای جامعه جهانی تاکنون کنوانسیون خاصی برای آن تصویب نکرده و بر استفاده منصفانه تأکید کرده است.   بخش عظیمی از اقتصاد ملی ایران وابسته به بخش کشاورزی است و کمبود آب و خشکسالی می تواند عامل چالش برانگیزی در امنیت ملی و اقتصادی ایران باشد. در واقع بخش کشاورزی بزرگترین بخش اقتصاد یک کشور پس از بخش خدمات است و به‌طور متوسط ۱۲ درصد از تولید ناخالص ملی را به خود اختصاص داده و ۲۵ درصد اشتغال،۲۳ درصد صادرات کالاهای غیرنفتی، ۸۰ درصد خوراک کشور و ۹۰ درصد نیاز مواد اولیه صنایع را تأمین می‌کند. به‌دلیل نبود سازه‌های درست جابه‌جایی آب، بهره‌دهی آبی کشور را تا ۳۰ درصد کاهش داده است. حل مشکل آب آشامیدنی چند سالی است که به خواسته اصلی  مردم خرمشهر تبدیل شده است. بخش های مختلف این شهر از جمله جزیره مینو و روستاهای بسیاری با قطعی مداوم آب روبه‌روهستند و بیشتر مردم از مغازه های آب‌فروشی و تانکرها، آب آشامیدنی خود را تهیه می کنند. رقابت برای دستیابی به منابع محدود آب از هم اکنون منجر به بالا گرفتن تنش‌ها و درگیری‌ها، چه در داخل ایران و چه در مناطق مرزی و مقابله با همسایگان کشور شده است. در اوایل سال ۹۳، کشاورزان اصفهانی پمپی را که آب رودخانه زاینده‌رود اصفهان را به شهر یزد در فاصله ۳۰۰ کیلومتری می‌فرستاد، تخریب کردند. این مسأله در ادامه به یک هفته تظاهرات و کمبود و جیره‌بندی آب در یزد منجر شد. در سال ۹۱، مرزبانان ایرانی پس از عبور از مرز افغانستان و تلاش برای باز کردن یک کانال آب ۳۰ کیلومتری از رود هلمند (هیرمند) به ایران، با نیروهای افغان درگیر شدند. در دهه ۱۹۸۰، جرقه طولانی‌ترین جنگ تاریخ مدرن خاورمیانه، بر سر دو ادعای رقیب در خصوص کنترل آبراهه راهبردی اروندرود یا شط‌العرب، میان ایران و عراق، روشن شد.   افزایش فشارها بر منابع آبی ایران، انتخاب دشواری را در میان مصارف مختلف رقیب تعریف می‌کند. در حوضه کرخه، مدیریت منابع آبی باید تصمیم گیرد که با کاهش جریان آب رودخانه چه کند، آیا این آب را در سد کرخه نگه داشته تا بتواند از آن برای تولید برق استفاده کند یا اینکه مسیر آب به نواحی پایین‌دست را باز کند تا بتواند منطقه‌ای را که به‌عنوان سبد غذایی ایران شناخته می‌شود، آبیاری کند.   مرکز پژوهشی «آرا» در بخش دیگری از گزارش راهبردی آورده است: علاوه بر آنچه که گفته شد؛ تغییرات محیط زیست و آلودگی شهرها، تغییرات محیط زیست و آلودگی آب، از بین رفتن ۷۰ درصد آب بزرگترین دریاچه خاورمیانه، تغییرات محیط زیست و کاهش غلات ایران تا سال ۲۰۵۰، تخریب محیط زیست، تحمیل هزینه تحریم‌ها و تخریب محیط زیست بر ۵ تا ۱۰% تولید ناخالص داخلی، خشکسالی هیدرولوژیک، نابه‌هنجاری‌های اجتماعی و اقتصادی، بیکاری و معضلات اجتماعی، افزایش بیابان زایی و گردوغبار، مرگ گونه های جانوری و... از جمله تهدیدهای مهم بحران کم آبی در ایران به شمار می روند.
خاک، اسکلت مسائل جامعه بوده و یکی از ارزشمندترین منابع هرکشور به شمار می‌رود اما متاسفانه در ایران فاقد متولی است، اگرچه معاونت آب و خاک سازمان جهاد کشاورزی مسئولیت آب و خاک را به عهده دارد، اما در مدیریت خاک کشور اقدام مؤثری انجام نداده است. مرکز پژوهشی آرا در بخشی از گزارش راهبردی « مدیریت منابع خاک امری مهم و مغفول » که توسط اندیشکده افرا گردآوری شده، آورده است: آلودگی خاك به‌عنوان یکی از معضلات زیست‌محیطی عمده در دنیا شناخته می شود و قطعا بدون داشتن خاک سالم حیات و زندگی روی زمین امکان پذیر نخواهد بود، چراکه ۹۵% غذای انسان از زمین حاصل می شود؛ بنابراین برنامه ریزی برای  داشتن خاکی سالم و تولید کننده، لازمه بقای انسان است.  ورود مواد، ارگانیسم های زیستی  یا انرژی به درون خاک سبب تغییر کیفیت خاک می شود، همین مسأله باعث می شود که خاک از حالت طبیعی خود خارج و آلوده شود. منابع مختلف ایجاد آلودگی مانند نشت از صنایع مختلف، لوله هاي انتقال ترکیبات نفتی، فلزات سنگین، ضایعات صنعتی و غیره باعث کاهش کیفیت خاك، گسترش در سطح آب هاي زیرزمینی و بروز سایر مشکلات محیط زیستی می شود.   انواع آلاینده های خاک اولین گروه، آلاینده‌های صنعتی می باشد که شامل کلیه آلاینده هایی است که توسط فعالیت کارخانجات و کارگاه ها وارد خاك می شود. این پسماندها شامل پسماندهایِ: صنایع فولاد، نیروگاه ها،  صنایع شیمیایی، صنایع ذوب آهن، صنایع فلزکاری، صنایع نفت (استخراج و پالایش)، صنایع چوب، سلولز و کاغذسازی، صنایع چرم و صنایع مواد غذایی است.  در اکثر شهرها شاهد هستیم که پساب های کارخانه ها به رودخانه ها ریخته می شود؛ باید دانست که این مسأله علاوه بر آلودگی آب های سطحی و آلودگی خاک به آلوده شدن منابع زیرزمینی نیز منجر می شود. دود و آلاینده هایی که به صورت گاز و بخارات سمی از دودکش های عظیم کارخانه ها بیرون می آید، علاوه بر آلودگی های هوای شهرها و ایجاد مشکلات تنفسی برای انسان ها، باعث تشکیل باران اسیدی می شود. باید دانست که بیشترین آلودگی ها در منابع خاک، در اطراف پالایشگاه ها رخ می‌دهد چراکه  فضولات کارخانه های صنعتی، شیمیایی، پتروشیمی، نساجی و معادن به‌دلیل وجود فلزات سنگین از جمله وجود سرب، جیوه، نیکل و کبالت از مهم ترین آلوده کننده های محیط زیست به خصوص خاک هستند. بحث عمده آلودگی هاي صنعتی تجمع فلزات سنگین در خاك است. از نظر تاریخی آلودگی به این عناصر ابتدا از استخراج معادن و سپس کارخانه هاي ذوب مواد آغاز شد. آلودگی هاي خاك ناشی از کارخانجات ذوب فلزات، زباله هاي شهري و صنعتی، حشره‌کش ها و ترافیک اتومبیل ها همگی می توانند غلظت هاي عناصر سنگین خاك را به حد سمی برسانند. علاوه بر این رسوب این مواد در حفره ها و گودال ها و به‌دنبال آن تجمع روان‌آب سطحی در این گودال ها سبب آلودگی آب هاي زیرزمینی می شود؛ از طرفی، غبار حاصل از طوفان در این مناطق سبب گستردگی دامنه آلودگی خواهد شد. بعضی از اثرات زیان بار فلزات سنگین شامل: اختلال فعالیت های بیولوژیک خاک، اثرات سمی بر گیاهان و اثرات زیان بار بر انسان در اثر ورود مواد به زنجیره غذایی.  سوپر فسفات ها و سنگ آهک معمولاً داراي مقادیري از کادمیوم، مس، منگنز، نیکل و روي بوده و استفاده از آن‌ها آلودگی خاك را به دنبال دارد. آرسنیک که در حشره کش ها استفاده داشت، به علت پایداري درازمدت در محیط دیگر استفاده نمی شود. فلزات سنگین در ترکیب قارچ‌کش هاي آلی، علف‌کش ها و حشره‌کش ها حضور دارند که با به‌کارگیری آن‌ها، موجبات آلودگی خاک فراهم می‌شود. برخی از فلزات سنگین مانند کادمیوم و روي از فرسایش لاستیک‌ها، سرب از احتراق بنزین و وانادیوم، کرم و تنگستن از خوردگی فلزات، تولید و وارد محیط می‌شوند. مواد نفتی و مشتقات آن که دومین گروه از آلاینده‌های خاک را به وجود می‌آورند، ممکن است در اثر حمل‌ونقل یا ذخیره‌سازي موجب آلودگی خاك شوند. هر قدر مواد نفتی به عمق بیشتري از خاك نفوذ کنند، رفع آلودگی مشکل تر و هزینه پاک سازی آن چند برابر خواهد بود. آلودگی های نفتی پیامد اجتناب‌ناپذیر افزایش سریع جمعیت و فرآیند صنعتی شدن است که به‌دنبال آن، آلودگی خاک توسط مواد هیدروکربنه نفتی به شکلی وسیع در اطراف تأسیسات اکتشاف و پالایش و به شکل موضعی در مسیر انتقال این مواد قابل مشاهده است. برخی از باکتری ها و میکرواگانسیم ها در خاک می توانند موجب تجزیه مواد نفتی شوند. علاوه بر انتشار مستقیم این آلاینده ها، غبارات حاصل از سوخت گازهای همراه نفت، طی سالیان متمادی مواد سمی بسیاری را به خاک های منطقه اضافه کرده است. متداول ترین آلاینده هاي نفتی در خاك شامل نفت، گازوئیل، حلال هاي کلردار، ترکیبات بنزن، تولوئن، اتیل بنزن  زایلن  (BTEX)،  هیدروکربن هاي آروماتیک چند حلقه اي (PAHS) و ... است. از جمله علل آلودگی نفتی، تصادف تانکرهاي نفت، بمباران، پخش مواد نفتی و مشتقات آن و برخی فعالیت‌هاي بی ملاحظه انسان و ... است. سهم صنایع پتروشیمی و نفت در تولید پسماند خطرناك و سمی ۵ درصد در بین کل صنایع است؛ عناصر رادیواکتیو نیز از آلاینده هاي خطرناك به‌شمار می روند. پس از حادثه چرنوبیل در آوریل ۱۹۸۶ که باعث آزاد شدن عناصر رادیواکتیو در محیط شد، تحقیقاتی در مورد رادیو ایزوتوپ ها در سیستم خاك آغاز شد. حرکت عناصر رادیواکتیو در خاك به نوع ایزوتوپ، تراکم آن‌ها و همچنین ماهیت فیزیک‌وشیمیایی خاك مورد نظر بستگی دارد.    سزیم و استرانسیوم محصولات واکنش هاي شکست هسته ای هستند و به‌طور دائم در اثر آزمایش سلاح هاي اتمی، نیروگاه هاي هسته اي و بازفرآیند سوخت هاي هسته اي وارد محیط می شوند. سزیم و استرانسیوم که شبیه پتاسیم و کلسیم هستند، در موجودات زنده شدیداً فعال بوده و به آسانی توسط موجودات زنده خاك جذب می شوند. زباله‌ای که می‌تواند طلای کثیف باشد و نیست! سومین گروه، آلاینده‌های شهری (مواد زائد و زباله) می باشند که یکی از مهم ترین منابع آلوده کننده خاك ها هستند. شیرابه زباله ها می تواند به داخل زمین نفوذ کرده و منابع آبی را نیز آلوده کند. این در حالی است که همه کشورهای پیشرفته زباله ها را طلای کثیف می نامند و با بازیافت و تولید کمپوست به زباله ها ارزش‌افزوده می دهند.  پتانسیل آلودگی فضولات آلی اعم از خانگی یا روستایی، بالا بوده و می تواند به‌عنوان یکی از عوامل مؤثر آلوده کننده منابع آب، خاك و در شرایطی هوا به‌شمار آید. از معایب به‌کارگیري خاك به‌عنوان انبار فضولات آلی می توان به آلودگی خاك ناشی از فلزات سنگین و دیگر عناصر سمی محتوي آن‌ها، آلودگی آب هاي سطحی و زیرزمینی ناشی از آب‌دویدگی سطحی و آب‌شویی فضولات به‌ویژه از نوع دارنده نیترات در مناطق مرطوب و نیمه‌مرطوب، آلودگی هوا ناشی از پراکندگی ذرات فضولات آلی در شرایط خشک، اشاعه بیماري-هاي مختلف به‌وسیله موجودات زنده میکروبی فضولات آلی اشاره کرد. از آلاینده های کشاورزی مؤثر در آلودگی خاک می توان استفاده بیش از حد سموم و کودهای کشاورزی، آنتی بیوتیک ها و هورمون ها در دام و آبیاری مزارع با فاضلاب های آلوده را نام برد. مصرف غیربهینه کودهاي شیمیایی و سموم دفع آفات نباتی با تجمع فلزات سنگین، ترکیبات آلی پایدار و ... خاك را آلوده می سازد. آلودگی خاك ناشی از به‌کارگیري کودها از طریق تغییر در خصوصیات فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی خاك به‌وجود می آید. کودهاي معدنی از سه طریق تغییر غلظت املاح، تغییر pH  و ایجاد مسمومیت؛ خصوصیات شیمیایی خاك را تحت تأثیر قرار داده و آلودگی آن را سبب می شوند که جلوگیري و محدود کردن آن نیز به دو روش، عدم یا کاهش کاربرد آن‌ها در خاك و مدیریت صحیح خاك و نبات در جهت ممانعت از گردش بیشتر آن ها صورت می‌گیرد.  بیشتر پسماند آفت کش هاي جست‌وجو شده در خاك یا مربوط به ترکیبات شیمیایی معدنی پایدار چون آرسنیک، مس یا سرب بوده که تا پیش از جنگ جهانی دوم از آن‌ها به عنوان حشره کش یا قارچ کش استفاده شده و یا مربوط به هیدروکربن هاي کلره پایدار است که پس از جنگ کشف و استفاده شده‌اند. تصور می‌شود ذرات سموم موجود در هوا در سطح ذرات گردوغبار موجود در هوا متمرکز شده و پس از بارندگی به‌صورت قطرات حاوي حشره کش به خاك وارد شوند. انتقال ذرات حشره کش از طریق باران به زمین از اهمیت بیشتري برخوردار است و مقدار سمی که از این طریق به خاك می رسد، قابل توجه است. کودهای شیمیایی خواص خاک را تغییر می دهند؛ یعنی نفوذپذیری خاک را نسبت به هوا و آب کم و اصطلاحاً خاک ها را سخت می کنند. آلاینده های بیولوژیکی و بیماری زا چهارمین عامل آلودگی خاک هستند که در سه گروه طبقه بندی می شوند: گروه اول، ارگانیسم های بیماری زای دفع شده انسان که به وسیله تماس مستقیم با خاک آلوده و یا مصرف میوه و سبزیجات روییده در خاک آلوده به انسان منتقل می شود (انسان - خاک - انسان)؛ مانند وبا، تیفوئید، اسهال باسیلی، آسکاریس و... می باشند؛ گروه دوم: ارگانیسم های بیماری زای حیوانات که در اثر تماس مستقیم افراد با خاک آلوده به مواد دفعی حیوانات به انسان منتقل می شود (حیوان - خاک  - انسان)؛ مانند لپتوسپیروز، سیاه‌زخم، تب کیو و گروه سوم، شامل: ارگانیسم های بیماری زا که به‌طور طبیعی در خاک یافت می شوند و انسان در اثر تماس مستقیم با این قبیل خاک ها آلوده می شود(خاک - انسان)؛ مانند کزاز، بیماری های قارچی و بوتولیسم خواهد بود.  مرکز پژوهشی آرا، دربخش پایانی این بخش از گزارش راهبردی خود نوشته است:  منابع خاک هر کشور یکی از ثروت های ملی آن کشور محسوب می شوند. خاک امانتی گران بهاست که تداوم حیات بشر بر روی کره زمین به حفظ و بقای آن وابسته است. خاک ظرف ذخیره آب و بزرگترین ذخیره کننده آب در طبیعت است و عاملی مؤثر در بهره وری مصرف آب در کشاورزی محسوب می شود. خاک بزرگترین منبع کربن در خشکی ها بوده و در ترسیب کربن نقش به‌سزایی دارد. در هر گرم خاک چندین میلیارد میکروارگانیسم وجود دارد و در حفظ تنوع زیستی طبیعت اهمیت زیادی دارد. بسیاری از نیازهای حیاتی انسان در دل خاک نهفته است. خاک در تولید غذا، پوشاک، چوب، مـواد اولیـه صـنعت و انـرژی، ذخیـره و تصـفیه آب، فعالیت های عمرانی و شهرسازی، دفن پسماندها و پساب‌ها، ذخیره کربن اتمسفر، تأمین نیازهای زیباشناختی انسـان و... استفاده می‌شود. از ۱۶۵ میلیون هکتار وسعت کشور، تنها حدود ۷۶ میلیون هکتار آن دارای خاک است و ایران با داشتن رتبه ۱۸ از لحاظ وسعت خاک قابل کشت، فقیر محسوب می شود و تنها ۱۱ درصد سطح کشور و ۲۴ درصد خاک های کشور را خاک های قابل کشت تشکیل می دهند. همین منابع اندک خاک به اشکال گوناگون به لحاظ کمی و کیفی دارای روند قهقرایی است. تغییر کاربری اراضی حاصل خیز، فرسایش خاک، قاچاق خاک، گسترش شوری، کاهش بنیه حاصل خیزی، فقر مواد آلی خاک، روش های نامناسب شخم و عملیات زراعی، فقدان قوانین و ضوابط برای استفاده مناسب و جلوگیری از تخریب و آلودگی خاک، ورود آلاینده ها به خاک، فرونشست و اثرات ناشی از تغییر اقلیم، از جمله مسائلی هستند که کمیت و کیفیت منابع خاک را تهدید می-کنند. یک دهه از تدوین «لایحه جامع خاک» می گذرد، اما همچنان مسأله خاک در کشور با بی توجهی و بی مهری مسئولان مواجه است؛ بدون شک  اگر این لایحه عملیاتی شود، بسیاری از مشکلات در این بخش برطرف خواهد شد.